6. Pondok Pesantren Darul Quran Nurul Abidin (Daquna)
Pondok yang berada dibawah asuhan Habib Ali Zainal Abidin Al-Kaff ini memiliki program utama yaitu berfokus pada hafalan Al-Qur'an para santri.
Selain itu, di pondok ini juga mempelajari kitab-kitab kuning yang banyak di pelajari di pondok-pondok lain.
Pondok Daquna memiliki visi untuk mencetak generasi Qur'ani yang berakhlakul karimah, dan mampu menjadi penggerak sekaligus perbaikan bangsa Indonesia.
7. Pondok Pesantren Darul Ulum
Ponpes Darul Ulum berlokasi di Desa Ngembalrejo, Kecamatan Bae, Kudus. Pesantren Darul Ulum pertama kali didirikan oleh KH. Ahmad Zaenuri pada tahun 1960-an.
Kepemimpinan pondok hingga saat ini telah ada di generasi ketiga, yaitu KH. Ahmad Zaenuri (1960-1986), kemudian KH. Ahmad Fatchi MN (1986-2001) kemudian dilanjutkan oleh KH. Drs Saad Basyar (2001-sekarang).
Sistem pengajaran yang diterapkan di pondok ini adalah dengan metode salafiyah, yaitu menggunakan metode sorogan, bandongan, dan musyawarah.
Santri yang masih berada pada usia pendidikan formal dapat menempuh pendidikan formal di sekolah yang masih berada di bawah naungan yayasan. Pondok ini sendiri memiliki lembaga pendidikan formal yaitu TK, MI, MTs, dan MA.
Pada sore hari, santri juga diwajibkan untuk mengikuti madrasah diniyah sebagai salah satu program pondok pesantren.
BACA JUGA:Pondok Pesantren Menjadi Salah Satu Pendongkrak Ekonomi Wonosobo
8. Pondok Pesantren Darul Falah
Pondok ini didirikan oleh H. Ahmad Basyir pada tahun 1970H. "Darul Falah" sendiri terbagi dari dua kata yaitu "darul" yang berarti rumah dan "falah" yang berarti beruntung. Sehingga "Darul Falah" dapat dimaknai sebagai rumah keberuntungan.
Darul Falah Kudus memiliki 4 komplek yang diberi nama Darul falah I, II, III, dan IV. Darul falah I dan II dikhususkan bagi santri laki-laki sedangkan darul falah III, dan IV dikhususkan bagi santri perempuan.
9. Pondok Pesantren Al-Qoumaniyyah (Mbareng )
Pesantren Al-Qaumaniyah pada awalnya lebih dikenal dengan sebutan Pesantren Bareng, pondok ini terletak di Dukuh Jekulo, Kecamatan Jekulo. tepatnya berada di Jl. Sewonegoro 03 Jekulo Kauman, Jekulo Kabupaten Kudus.